1月
1日，陈水扁在元旦讲话中称，台湾未来将以“积极管理、有效开放”代替“积极开放、有效管理”，“作为未来两岸经贸政策的新思维、新作为”；希望2006年产生民间版的“台湾新宪法”草案，并在社会条件成熟的情况下于2007年举办“新宪公投”。
5日，国民党主席马英九在接受媒体访问时表示，“台独”不是国民党的选项，“法理台独”是破坏两岸现状，国民党将加速推动两岸直航，若当局仍拒不开放，将发动“直航公投”，“修宪”暂时没有必要。 6日，国台办宣布大陆已确定一对赠台大熊猫。国台办发言人还表示，台当局领导人重提“宪改时间表”，不断鼓吹“台独”言论，表明“台独”分裂势力加紧通过“宪改”进行“法理台独”活动的冒险性、危险性又在上升。 7日，民进党“新潮流系”青壮年成员筹组“两岸政经学会”，宗旨是促进两岸交流。 19日，台“陆委会”宣布，在1月20日至2月13日期间扩大实施金马“小三通”项目，金马旅台乡亲无需以组团方式，即可直接经由“小三通”出入大陆。 20日，2006年两岸春节包机正式启航。“行政院长”谢长廷表示，开放大陆居民赴台观光等对促进台湾观光以及增加民众收入有利，因此他支持两岸有条件开放直航。 21日，国民党政策会执行长曾永权、大陆事务部主任张荣恭等人举办记者会表示，继两岸春节包机后，国民党将推动“两岸客货包机周末化、常态化及开放大陆民众赴台观光事宜”。 26日，台“立法院长”王金平接受“美国之音”专访表示，为两岸和平做出贡献是自己的最大愿望，“乐意担任两岸特使”。 29日，陈水扁在春节谈话中提出三大诉求，宣称将“严肃思考废除国统会、国统纲领”，“认真思考以台湾之名申请加入联合国”，“期盼今年民间版的新宪法草稿诞生”，明年举办“新宪公投”。 30日，美国务院发表声明指出，“美国政府不支持台湾独立，反对任何一方单方面改变现状”，陈水扁关于“以台湾名义申请加入联合国”的讲话是片面改变现状的行动。 2月
4日，台“立法院长”王金平表示，“国统会、国统纲领是两岸的两大支柱，不能随意拿掉”。
5日，李登辉称，“台联党”应大力支持陈水扁“废除国统纲领、国统会”等谈话，李呼吁陈水扁“勇敢地做，不要退缩”。 7日，2006年两岸春节包机圆满结束。 9日，美方官员指出，尽管陈水扁抛出“废统论”后美台不断沟通，但美方仍不能接受台北方面的后续解释，布什政府仍在等陈水扁方面的“再保证”（“四不一没有”）。 14日，在英国访问的马英九发表讲话指出，若国民党赢得2008年“总统”选举，将尝试恢复两岸间以“九二共识”为基础的政治对话，协商出一个可行的和平协议。 15日，民进党主席游锡堃宣称，民进党对“修宪”议题没有预设立场，“国号”、“国旗”与“领土”等议题都可纳入“修宪”的范围。 27日，陈水扁召开“国安会议”作成决议：“国家统一委员会”终止运作，不再编列预算，原负责业务人员归建；“国家统一纲领”终止适用，并依程序送交“行政院”查照。 3月
2日，美国务院发表声明，要求陈水扁“必须毫不含糊地确认‘国统会’并未废除”。
3日，陈水扁接受日本《读卖新闻》访问时表示，“只要台湾社会条件够成熟，人民支持、‘国会’同意，催生一部合时合身合用的‘新宪法’、在明年举行‘新宪公投’不是不可能”。 5日，国务院总理温家宝在政府工作报告中指出，两岸关系朝着和平稳定、互利共赢方向发展是人心所向，任何人妄图破坏这种大趋势是注定要失败的；我们将继续和台湾同胞一道，促进两岸人员往来和经济、科技、文化交流与合作，构建和平稳定的两岸关系。 6日，台“行政院长”苏贞昌称，“台湾绝非中国的一部分，统一并非唯一选项”。 9日，台“行政院内政部”决议将3月14日订为“反侵略日”，以煽动民众对大陆的敌意。 18日，“台独”团结“民主和平护台湾大联盟”举办“护民主、反吞并”游行。 20日，民进党“立委”李俊毅提案要求以派系名义在7月的党代会上提出“中国政策决议文”，开放两岸经贸。 21日，陈水扁会见美国“在台协会台北办事处长”杨苏棣时称，不会改变对于美国政府、特别是对布什总统所做的承诺，“今后不可能再发生所谓的任何意外”。 22日，台“行政院”公布两岸经贸“积极管理、有效开放”的配套机制方案，在人员往来、农业、经济和金融四个领域加强对两岸经贸的管制和限制。 马英九访问美国，在哈佛大学发表演讲，提出发展两岸关系的“五要”主张：要促进两岸在“九二共识”基础上尽速恢复平等协商；要促进两岸终止敌对状态、达成和平协议；要促进两岸经济全面交流，建立两岸经济合作机制，实现全面、直接与双向“三通”，推动建立两岸共同市场；要发展台湾国际参与的“暂行架构”；要加强两岸文化、教育交流。 23日，民进党主席游锡堃宣称，党将在4月开始检讨党内“新宪法”草案，6月决定草案内容，草案中对“国名”、“领土”、“国旗”、“国歌”的变更等问题不会预设前提。 30日，台“行政院农委会”决议拒绝大熊猫入台。
4月
6日，台“行政院”人士称，“将研议开放大陆人士经港澳地区转机直接赴台观光，大陆观光客每日1000人次的规定也有望放宽”。
12日，台“行政院长”苏贞昌称，“两岸关系任何事项的处理都必须以‘台湾主体性’与政策主动性为主轴，包机等各项议题只要经双方协商，可持开放态度”；“若6个月后协商仍未完成，但相关配套措施均已完备，台湾不排除片面宣布开放客货运包机及大陆民众直接赴台观光”。 14日，两岸经贸论坛在北京举行。 15日， “两岸经贸论坛共同建议” 通过；中央台办主任陈云林受权宣布了促进两岸交流合作、惠及台湾同胞的15项政策措施。 16日，中共中央总书记胡锦涛在会见国民党荣誉主席连战等参加两岸经贸论坛的台湾人士时强调，和平发展理应成为两岸关系发展的主题，成为两岸同胞共同为之奋斗的目标，并就推动两岸关系和平发展提出四点建议。国家旅游局、公安部、国台办联合发布《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》，该办法自发布之日起施行。 18日，台“行政院长”苏贞昌指出，“只要两岸谈好假期包机模式，重要节日就可一体适用，不再每逢重要节日都再谈一次，也不会限制大陆观光客人数。” 19日，民进党秘书长林佳龙称，民进党的“宪改”草案不会触及“变更领土、国旗、国号”等敏感议题，“只会修改、整合‘宪法’本文及增修条文”。
苏贞昌称，两岸经贸论坛的共识，只要对台湾有利的，可全盘考量推动，但仍要坚持以台湾的“主体性”为前提。 20日，国家主席胡锦涛出访美国，美国总统布什在欢迎仪式上表示，美国政府在台湾问题上的立场没有变化，美国坚持一个中国政策，理解中方在台湾问题上的关切，不希望看到台湾当局单方面改变台海现状的行动损害中美关系。 25日，台“行政院长”苏贞昌宣布，将于5月1日起扩大“小三通”，“陆委会主任秘书”詹志宏称，未来将进一步规划人民币在台湾买卖配套措施。 5月
3日，国民党中常会就“宪改”议题达成共识，采取“遵宪、行宪、不修宪”的立场。
4日，陈水扁启程“出访”中南美洲，因不接受美方的“过境”安排，所谓“兴扬之旅”成为“迷航之旅”。 11日，美副国务卿佐利克表示，美国不会改变30年来的一个中国政策体系；“台独”意谓着战争，台湾如果不断挑战美国早已定调的—个中国政策，“就是一直在撞墙”。 16日，国亲“立院党团”推动的“直航条款”因泛绿“立委”阻挠，闯关失败。 20日，台当局抛出首份“国家安全报告”，大肆鼓吹台湾“主权独立”，恶意煽动“中国威胁论”。 22日，在日内瓦召开的第59届世界卫生大会再次否决了极少数国家提出的“邀请台湾作为观察员参加世界卫生大会”的提案，这是台湾第十度闯关失败。 6月
8日，陈水扁会见“美国在台协会理事主席”薄瑞光时表示，二次就职演说的谈话内容没有任何改变，所宣示的“四不”在未来的两年也不会改变；“‘宪改’不会逾越现行‘宪法’修改的程序，目前有关‘主权’变更或者领土的改变、‘国号’的改变等等，都不会去处理”。
14日，海峡两岸航空运输交流委员会宣布，海峡两岸航空业民间组织就清明、端午、中秋、春节期间的两岸客运包机和紧急医疗救援包机、残疾人包机以及有特殊要求的货运包机等的技术性、业务性问题达成共识，做出框架性安排，经双方业务主管部门认可，自即日起实施。 18日，岛内“急独”势力以“北社”等“台独”组织为基础，串联海外“台独”社团，成立新的“台独”组织“台湾社”，李登辉任“荣誉总会长”。 7月
10日，国台办和华夏银行签署“支持台资企业发展合作协议”，华夏银行将在5年内为台资企业提供200亿元的融资支持和多种金融服务。
16日，陈水扁称，未来两年将认真推动包括“制宪”在内的2004年竞选政见。 21日，“台独大老”辜宽敏要求陈水扁“冻结旧‘宪法’”，制定“中华民国第二宪法”。 27-28日，台“经济永续发展会议”登场，陈水扁声称，要在“台湾优先、投资台湾优先”的基本思维与架构下，拟订两岸经贸政策。两岸直航、取消企业投资大陆40％上限等多项措施未列入会议共同意见，仅列为“其它意见”。 8月
6日，中国与乍得政府签署联合公报，恢复大使级外交关系。乍得同日宣布与台“断交”。
12日，陈水扁在“凯达格兰学校”表示，“将推动以台湾名义加入联合国”，把中正机场正名为“台北国际机场”，并催生新“宪法”版本。 13日，李登辉抨击“行政院长”苏贞昌开放两岸经贸政策。 16日，台2006学年高中历史审定教材中纳入所谓宣扬“台湾地位未定论”的“旧金山和约”和“中日和约”。 21日，国民党正式向台“境管局”递交国台办主任陈云林赴台申请案，台“行政院”表示，“短期暂不考虑同意陈云林来台”。 26日，吕秀莲表示，台“应以调和、改善两岸关系的心态”面对大陆，“领导者应思考如何在不丧失立场及尊严下，与大陆交往”。 9月
5日，陈水扁“出访”南太平洋岛国时提出“三大运动”，即“以台湾名义加入联合国、催生台湾新‘宪法’、公投国民党党产”。
6日，陈水扁在关岛与“美国在台协会主席”薄瑞光时保证，“台湾宪改议题聚焦在政府体制改造部分，不会触及其它敏感议题”。 11日，国民党“立院党团”呼吁“陆委会”同意两岸包机直线通航，以配合开放大陆游客赴台观光，同步于今年10月底实施。 12日，第61届联合国大会总务委员会一致决定，拒绝将所谓“台湾在联合国代表权”等提案列入本届联大议程。 14日，陈水扁通过越洋视讯会议向国际社会表示，台湾要“认真思考通过公民投票方式，以台湾名义、新会员身份直接申请加入联合国”。 18日，中共中央台办与国民党举行第二次保护台商合法权益工作会谈，达成10项共同意见。 20日，民进党中常会决议，将提出修改“宪法总纲”和不动“宪法总纲”的“总统制”、“内阁制”各两个版本的“宪改”方案。 24日，陈水扁表示，现行“宪法”中的“固有疆域”与现实完全脱节，“应认真思考，予以必要的处理”。民进党表示，会把陈“变更领土范围”这一“宪改”议题纳入“宪改”版本。 26日，台“行政院长”苏贞昌表示，“‘宪法’上有关‘主权’、‘国号’、领土等要变更，不是那么简单”，应有高度的共识，才能进行。 25日，美国务院发言人表示，美国严肃看待陈水扁一再重申的各项保证，包括“宪改”不会触及“领土”等敏感议题，陈水扁能否信守承诺，是对其“领导能力、可靠性”的考验。 10月
4日，民进党召开中执会讨论党提出的“宪改”草案，提出“台独党纲版”、“台湾前途决议文版”、“不动宪法总纲版”等3个版本。党主席游锡堃表示，他个人主张“总统制和台湾国”。
15日，陈水扁在“台独大老”辜宽敏的生日宴会上声称，“要冻结目前‘宪法’，制定符合台湾现状的中华民国第二共和宪法”。 16日，两岸农业合作论坛在海南博螯举行。全国政协主席贾庆林发表演讲时就进一步推进两岸农业交流与合作提出了四点建议。论坛发表《两岸农业合作论坛共同建议》。中台办主任陈云林宣布20项新的惠及台湾同胞的农业措施。 25日，台“行政院”通过首例“去中国化”法律修正案，将现行“民法总则”及“施行法”中有关“服从中国法律义务”等字眼删除。 11月
1日，陈水扁再次宣称，台湾可以“冻结”现行“宪法”，并通过一部“新宪法”，其序言将厘清台湾“疆域”范围。
11日，“海峡两岸客家高峰论坛”在北京举行。 12日，孙中山先生诞辰140周年纪念大会在北京人民大会堂隆重举行。 17日，台“行政院长”苏贞昌在“立法院”表示，他将责成相关单位在3个月内研究尽快大幅开放大陆专业人才赴台政策。 21日，“美国在台协会办事处处长”杨苏棣表示，美国鼓励台湾尽快移除贸易障碍，对大陆开放“三通”，尤其是飞机直航。 27日，亲民党“立委”刘忆如和民进党“新潮流系大老”、“立委”洪奇昌共同提案，建议台当局修改“两岸人民关系条例”，将台商投资大陆的上限由现行的20%到40%，上修成一律40%。 12月
22日，台“陆委会”表示，两岸在开放大陆观光客赴台的议题上已有基本共识。
28日，美方通过管道警告陈水扁，不希望即将发表的“元旦文告”或“春节谈话”等演说再出现让美方感到“惊讶”的内容。 29日，台“行政院”放宽准许赴大陆投资的8寸晶圆厂制程技术，由0.25微米放宽至0.18微米。“台联党”予以猛烈抨击。
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