1387年 (明洪武二十年)
在倭寇的袭扰下，明政府撤销台湾行政和防务的巡检司，移台湾岛上居民于漳、泉二州，实行海禁。
1563年 (明嘉靖四十二年)
明政府恢复澎湖巡检司，派兵驻守澎湖列岛，再次有利地抗击了日本的侵略。
1593年 (明万历二十一年)
日本军阀丰臣秀吉在侵朝过程中，派商人原田孙七郎修书致台湾居民，称台湾为“高山国”，令当地居民向日本纳贡，遭台湾人民冷遇。此后便有一些日本野心家和追逐利益的商人往台湾活动。
1603年 (明万历三十年)
日本侵扰台湾，明政府派沈有容、陈第率军往剿，高山族首领大弥勒等到军前拜谒。
1608年 (明万历三十六年)
日本商人以来日本观光为名，带台湾的阿美族人到日本拜见摄政德川家康，了解台湾情况。
1609年 (明万历三十七年)
德川家康派有马晴信侵台，因遭到台湾民众的抵抗而失败。此后对高山族人的“招降”，也遭到拒绝。德川幕府时期，曾派兵舰13只，侵扰台湾，一度侵入竹堑港(即新竹)，因后援不济而失败。
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