在空中通航方面。根据国际民用航空公约及附件的有关规定，航空器必须有国籍或地区籍标志和登记标志，该标志须从国际电信联盟分配给登记国或地区的无线临时呼叫信号中的国籍或地区籍代号系列中选择。目前，大陆和台湾的航空器标志均为英文字母"B"。因此，两岸直航的航空器已不存在标志问题。关于直航中涉及的主要证照的查验问题，可由负责运营的台湾地区航空公司向大陆民航主管部门出具所需证照的合格证明，经认可后，该航空公司即可提出申请。这一简单易行、务实灵活的做法，已在2003年春节台商包机业务实施过程得到运用和验证，为解决今后两岸双向直航中的相关问题提供了有益的经验。

　　在海上通航方面。两岸直航船舶的挂旗、验证问题，可以参照"九七"后港台航线和福建沿海地区与金门、马祖通航的相关办法解决，即：直航两岸的船舶，只挂公司旗或双方商定的标志旗，进港时不挂对方旗；双方须查验的有关证书，必要时可另纸签注。