据高层人士指出，“国安会”“秘书长”邱义仁，在二○○○年担任“国安会秘书长”时，就曾数度与“陆委会主委”蔡英文，就两岸关系定位有不少的争论，蔡英文主张“特殊两国论”应为扁政府的大陆政策主轴，邱邱义仁则强调应将“特殊国与国关系”更向前推一步。因此，陈水扁的“一边一国”颇符合邱义仁的主张，即将两岸直接定位为“国与国关系”，把“特殊”也一并去掉。 陈水扁提出“一边一国”及“主权公投”后，由于事态严重，隔天（八月四日）“行政院长”游锡堃立即在官邸召开党、政、“立院”的高层会议，紧急研商降温的政策，并临时指定“陆委会主委”蔡英文与他搭机赴美，由蔡英文负责对美说明，陈水扁的说法并没有背离“四不一没有”。五日下午，陈水扁还向包道格当面保证，他的说法还是维持“四不一没有”的基调。六日，陈水扁以民进党党主席身份，再度阐释“一边一国”为“主权对等论”。 陈水扁提出“一边一国论”后，没想到美国的反应力度会这么强，美国官员曾私下表示，不希望台湾错用美国布什政府对台的善意，“布什爱台湾的心，不会超过他恨阿富汗的心”，在美国忙于部署反恐战争时，台湾切勿在台海制造风波。