由于受岛内外各种因素的制约，陈水扁政府此前从维护其统治地位和台湾的安定、安全考虑尚不敢或不愿公开推动“公投”，以免过早地同大陆摊牌，只是策略性地、在不影响政权稳定的前提下默认和放纵“公投”活动。但如果“公投法草案”得以通过，为了争取选票，陈水扁政府将加以落实，并且增加其与大陆对抗的民意筹码。国民党、亲民党、新党及其他党派的人士将不得不跟进，以免流失选票。那样“台独”将大成气候，对两岸的统一大业将危害极大。在而且，在国际上，对全民公投还没有一个非常明确的法律规定，怎样公投，程序是什么，权限是什么等都不清晰。全民公投是由某个政府组织的，通常都受到这个政府的影响，未必能真正反映人民的意愿。即使一个全民公投通过了，也并不意味着能得到国际认可。所以，客观上全民公投不是一个法律结果。到目前为止，世界上绝大部分全民公投带来的结果都是动荡。在很多地区的独立都是通过全民公投进行的，但公投并不能保证其独立进程是和平的，公投大都伴随着战争。譬如，在克什米尔地区，公投问题引发了一轮又一轮的暴力冲突。从1945年到现在，不管是独立运动还是分离运动，全民公投之后没有战争的例子十分罕见，如果那里的分离运动获得成功，则加拿大能否保持和平就难说了。东帝汶的情况也一样，在公投过程中伴随着大战乱甚至战争，可见，公投带来的社会动乱是不可避免的。台湾地区的“全民公投”如果失败，“台独”分子不成功，海峡两岸保持和平可能还有一线希望；一旦通过，战争将不可避免。