2000年民进党在“总统”大选中获胜。鉴于执政地位尚不稳固，陈水扁在“总统就职演说”中提出“四不一没有”，其中就包括“不会推动改变现状的统独公投”。陈水扁认为“公投”时机尚未成熟，不宜盲动躁进，徒增困扰。
   
   2000年11月，台“跨党派小组”就“公投”达成默契：“任何海峡两岸现状的改变，都必须经由民主程序，由台湾人民决定，而公投也是民主程序的一种。”
   
   蔡同荣推动的“公投法草案”，因岛内朝野对峙僵持，多年来一直封存在“立法院”的“内政委员会”。2002年2月22日，民进党提出的“财划法”复议案在“立法院”顺利闯关后，蔡同荣倍受鼓舞，拟重新推动“公投法草案”闯关。
   
   蔡同荣所提的“公投法草案”共16条，主要内容为：“公投”适用事项包括“国旗、国歌、国号、领土变更、国家主权：等“国家”定位问题及其他“全台性”重大政治议题。其中，“公投法草案”第七条还明定：“公民投票案”应有台湾全部选举人总数的4％以上联名，但“全台性”重大政策议题则只要经选举人数2％同意即可要求当局举行“公投”；或者“立委”总额24出席及出席委员33决议，或台湾地区领导人提案，经“行政院”会议决议后，可提出“公投”。
   
   依照有关规定，“立委”所提法律案应有30人以上联名，联名人不得发表反对原提案的意见。蔡同荣将“公投法草案”联名目标锁定为过半数的113席的“门槛”。但民进党有人土称：“公投法内容争议太大，‘总统府’和‘行政院’方面都不赞成此时推动蔡版公投法，因为这违背了陈水扁就职的宣示，也会招致在野党的抨击。”台联党团副召集人罗志明因此建议蔡同荣，为了争取“在野党”的支持，“不妨拿掉国旗、国号及领土、主权等敏感字样”。
   
   蔡同荣被迫作出让步，同意不在条文中列举“国家主权”等“公投”事项，删除了“国号及国家主权”等列举项目，并且将“重大政治议题”修正为“重大民生议题”。但修正后的“蔡版公投法草案”仍然在“立法院程序委员会”中被打了回票。
   
   蔡同荣虽一再碰壁，但并不死心。2002年4月23日，他主动联系台联党，邀请该组织“倾力接续推动”，惟一的条件就是要将他的名字列入提案人之列。
   
   台联党认为，民进党上台后，对在野时期推动的若干法案似有退缩现象，因此有必要介入支持。4月29日，台联党公开宣布接手蔡同荣长期推动的“公投法草案”。
   
   5月31日，“立法院”就是否将台联蔡版“公投法草案”交付“立法院程序委员会”审议展开表决在第一轮投票时，民进党支持，但在第二轮投票时，民进党态度暖昧，不予合作，“泛蓝”与“泛绿”的票数对比为95比78。
   
   事后，柯建铭称：“有关公投法是否应该于本会期过关，民进党团曾与台联密切协商，双方同意以不涉及变更国旗国号的蔡版为蓝本，也不须强调一定要在本会期通过。”台联则大骂民进党出卖朋友。
   
   岛内有关公投的争辩，原本至此告一段落。