1982年，“台独”分子蔡同荣等人在华盛顿成立“台湾人公共事务会(FA-PA)”，主张以和平的方式，通过民主自决，“公投”谋求“台湾独立”。

1990年7月，岛内外“台独”势力联合成立了“台湾公民投票基金会”。11月，蔡同荣发起成立“公民投票促进会”，以“由台湾住民决定公共政策，宪政改革与台湾前途”为宗旨，鼓吹“台湾前途由公民投票决定”，“以公民投票加入联合国”等。该组织宣传通过“公投”实现“台独”的主张，多次发动“举行公民投票进入联合国”游行。

为了解决“公投”的法源问题，寻求自决的法律依据和法律保证，蔡同荣还与其他“台独”组织一起，研拟“公民投票法草案”，并试图在“立法院”中通过。

1991年3月，民进党籍新潮流系“立委”叶菊兰、洪奇昌等人公布拟订的《公民投票法草案》，意图“凝聚台湾命运共同体的力量”，并借“公民投票活动来推动制宪运动”。

1998年12月5日，由极端“台独”分子张灿鋈担任市长的台南市，就统一问题举行“公投”，有12万人参加。

目前，“公民投票法草案”朝野三党“立委”已有6个版本，比较朝野所提的版本，其差异除了法案名称外，实施地区、议题也存在着很大差别，尤其是实施范围可否及于“全国性事务”还是仅限于地方自治事项，成为了问题的关键。而主张对“全国”事务举行“公投”的蔡同荣版“公投法草案”则成为了台湾各种“公投”版本中的闯关主力。