2002年7月21日，陈水扁在民进党的党大会上正式担任党主席，使民进党正式进入“党政同步”，也成为第一位同时担任民进党主席和台湾“总统”的党员。
   
    陈水扁在就任仪式上讲话时，一方面促中国大陆共同为两岸关系的开展“跨出历史的一步”，另一方面则表示，如果台湾的“善意无法得到中共相对的回应”，台湾要思考“是否要走自己的路、走咱台湾的路、走出台湾的前途”。针对瑙鲁21日与中共宣布建交，陈水扁在脱稿的讲话中说：“任何一个对台湾人民负责的政党，都应该坚持国家的立场、台湾优先、人民的利益、台湾的主权独立绝对不能被剥夺和限制。”他甚至在黄金时间的电视转播演讲中呼吁，“不能对中共心存自我矮化、妥协求和的幻想”。对于两岸关系正常化的问题，陈水扁认为，首先必须要做的是重新开启协商的大门。“如果现阶段复谈有困难，可以先由互访做起，由民间与政党的交流开始。”
   
    对此，北京学者评论说，陈水扁在一再抛出“善意”的同时，他正在走一条危险的路，一条死路。这条路有三个路标：推进“渐进式台独”，推行“去中国化”，开辟“实质台独”的新阵地；支持和配合“疯狂式台独”，与李登辉等“顽固台独”分子手拉手肩并肩，为“台独”捧场；阻挠两岸关系发展，设计各种障碍，阻挠两岸交流。岛内媒体指出，这条路越走越疯狂，越走越危险。正如岛内有人说，陈水扁的这一席话，又要让“两岸关系上结一层霜”，他在“台独不归路上走得越来越远了”。