2000年两岸关系发展的主要障碍是陈水扁当局拒绝接受、甚至否定一个中国原则。陈水扁“就职”后虽一再声称要“缓和两岸关系”，但在“基本教义派”的压力下，其大陆政策立场逐步倒退，总体上仍坚持“台独”立场。作为民进党的“总统”陈水扁无意改善两岸关系，刻意模糊、回避一个中国原则，陈虽在“就职演说”中作出了不会宣布“台独”、不会推动“两国论入宪”等“四不一没有”承诺，却又声称“一个中国是议题”，是要“未来处理的问题”，其实质是以玩文字游戏的方式，欺骗岛内民众和国际舆论。6月20日陈称两会1992年达成的是“没有共识的共识”，又于7月31日提出所谓“九二精神”，实质是在“搁置争议”的名义下，公开否认“九二共识”，破坏两岸接触、商谈与对话的基础。陈水扁还公开声称“统一并非两岸唯一及最后的选项”，在国际上公开鼓吹“台湾是主权独立的国家”，并继续推动“参与联合国”以及其它只有主权国家才能加入的国际组织的活动。11月26日，陈水扁又利用“两岸跨党派小组”抛出所谓“三个认知，四个建议”的共识，强调两岸“互不隶属、互不代表”，要依“中华民国宪法”回应“对岸的一个中国主张”，实质是否定一个中国原则，变相鼓吹“两国论”。此外，台当局单方面宣布2001年1月1日实施“小三通”，同时加紧在国际社会宣扬所谓“推动‘三通’的诚意与善意”，其实质是妄图在回避一个中国原则的情况下打开两岸协商大门，制造两岸缓和假象、摆脱政经危机、欺骗国际社会，并拖延“大三通”。