唐贞观十四年(640年)设云中郡，郡治就在恒安镇。由于是郡治，此时的云冈石窟又开始了局部的雕凿工程。据《金碑》记载：在贞观十四年有“守臣重建”。在《古清凉传》记载俨禅师，“每在恒安修理孝文石窟故像”它称云冈石窟为孝文石窟，可见在唐人眼里，云冈第二期造像(即孝文时期)最具特色。

    云冈唐朝遗迹主要是第三窟，第三窟后室有三座大像，正中是近高10米的倚坐佛，穿通肩衣，施说法印。左右是两尊菩萨立像，高约6米，斜披络腋，帔帛，由两肩两臂绕下。三尊像体态丰满。

    初唐以后，云冈又一度潇落，没有大项工程。唐·张高在《云城古城赋写道：“荒郊处处生荆棘，寒随动地牧马嘶。君不见，当初魏都行(乐)处，只今空有野凤吹?这是由于突颁人入侵边地，这里己成兵戎相见的古战场。

辽金时期         

    云冈再次出现大的工程是在辽、金两代。大同是辽、金的陪都西京，也是辽代的重要佛教要地，辽金时期大同城内外建了很多佛寺。如云冈以东的佛字湾、观音堂。云冈往西二十里范围内都有辽代工程。

    辽代在云冈有相当规模的工程。主要是辽兴宗时期和道宗时期。这时期修建了上、下华严寺和规模最大的应县木塔。

云冈十寺       

    金·曹衍《大金西京武州山重修大石窟寺碑》”峰峦后拥，宝室前开。

    ……二十二端相，巍乎当阳：干百亿化身，森然在目。烟霞供宝坐之色；  日月助玉毫之一辉。神龙天娇以飞动；灵兽雍容而助武。色连延，则天皇(煌)弥勒之宫；层棺缔峙，则地通多宝之塔。  “这是契丹、女真人两次对云冈木构寺庙的重修装饰，它不公恢复旧观，而且辉煌一时。

    另外，辽代曾进行大规模的佛像修理，在十三窟南壁下部的一个佛龛上，日本学者曾经发现辽代题记，墨书：“修大小一千八百七十六尊”佛像，这个题记现已看不到了。第十一窟中心柱正面下层的两个胁侍菩萨应是原来的像重新进行雕刻，形象发生变化。十一窟西壁有七佛龛。

    金代继续辽代工程，据《金碑》记载，金皇统初，和尚票慧主持重修灵岩大阁九楹，就是第三窟。据记载，这个工程从皇统三年开始到六年结束历时年，费钱二千后于战火。

元、明、清时期的云冈

    元、明、清时，蒙古人铁马金戈，朱家王朝花天酒地，明清交替之际，”是非莫辩，玉石焚。楚猿祸林，城火殃鱼。……(大同)为狐鬼之场考五阅春秋。  (清顺治十三年《重修大同镇城碑记》这里遭受闯军的战火，姜镶的战降叛，满清的屠城，云冈备受兵烫。满人在安定之后虽亦稍加修茸，然己面目全非，与当年成功盛况不可同白而语了。釉入代云冈沉寂于古塞边陲，鲜为人知达二百年之久。

近代的云冈

    本世纪初，法国人沙婉E．Chavannes，日本人伊东忠太等著文、摄影公诸于世，才又引起世人的注目。

    三十年代，以京都大学人文科学部长广敏雄、水野清一等日本学者，对云冈石窟作了大量的调查和研究，并于1955年出版了中国五世纪石窟考古学报告32册的一套丛书《云冈石窟》。