根据台湾当局“宪法”规定，“行政院”是台湾当局最高行政机关，院长由“总统”提名，经“立法院”同意后任命；“总统”公布法律、发布命令，须经“行政院”院长和有关部会首长的副署；“行政院”副院长、各部会首长和不管部会之政务委员，由“行政院”院长提请“总统”任命；“行政院”向“立法院”提出法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案及条约案及其他重要事项或涉及各部会共同关系事项；“行政院”对“立法院”所决议的法律案、预算案、条约案及重要政策有异议时，须经“总统”的核可，才能移送“立法院”复议，若出席“立法院”的三分之二“立法委员”表决维持原决议，“行政院”长应接受该决议或辞职。

1997年第三届“国民大会”通过的“宪法增修条文”改为“行政院长”由“总统”任命，不须经“立法院”同意；同时取消了“副署权”；“行政院”对“立法院”通过的法案不满，可以要求限期复议等。

“行政院”于1948年5月在南京成立。根据1948年7月通过的“行政院”组织法，“行政院”设有“内政部”、“外交部”、“国防部”、“财政部”、“司法行政部”、“农林部”、“工商部”、“交通部”、“社会部”、“水利部”、“教育部”、“粮食部”、“地政部”、“卫生部”等14个部以及“侨务委员会”、“资源委员会”、“蒙藏委员会”等三个委员会。以后又多次进行了调整、变更。经过多次调整，“行政院”现有“内政部”、“外交部”、“国防部”、“财政部”、“经济部”、“教育部”、“法务部”、“交通部”等八个部，“侨务委员会”、“蒙藏委员会”，“主计处”、“新闻局”、“卫生署”、“中央银行”、“人事行政局”、“经济建设委员会”、“农业委员会”、“研究发展考核委员会”、“国家科学委员会”、“原子能委员会”、“国军退除役官兵辅导委员会”、“青年辅导委员会”、“文化建设委员会”、“大陆委员会”、“劳工委员会”、“中央选举委员会”、“原住民委员会”、“体育委员会”、“海岸巡防署”、“环境保护署”、“国立”故宫博物院等机构。另有一些任务编组机构。

“行政院”组织即“行政院”会议，是“行政院”的决策机关，由“行政院”正副院长、8部2会、及不管部会之7名政务委员组成，院长主持会议，并邀请有关人员列席备询。其主要职权是提出法案，决定重要政策人事的任免及其他重要事项。“行政院”会议必须经部长和出席过半数以上政务委员的同意才能形成决议。

“行政院”内部，依“行政院”组织法设秘书长、副秘书长，均列席“行政院”会议。秘书长承院长之命处理“行政院”事务，并指挥监督所属职员。副秘书长协助秘书长工作。“行政院”内设秘书处、参事单位、诉愿审议委员会、法规委员会、会计室、人事室等处理幕僚业务。

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